1、初级合作社和高级合作社最根本的区别在于它们的性质。具体来说：初级合作社：性质：半社会主义性质的集体经济组织。生产资料所有制：土地、牲畜、大农具等生产资料仍归农民私有，但统一交给合作社集体使用，也可折价归公。
2、初级合作社和高级合作社最根本的区别是性质。初级合作社的性质：半社会主义性质：初级合作社在保留部分私有制的基础上，进行了社会主义的改造。例如，土地、农具等生产资料仍然归农民个人所有，但农民可以通过入股的方式参与合作社的经营和分配。这种模式下，农民既享有私有财产的权利，又参与了集体化的生产过程。
3、初级合作社和高级合作社最根本的区别在于它们的组织结构和运营方式。组织结构：初级合作社的组织结构相对简单，通常是由农民自发组织起来的，规模较小，社员之间的联系较为松散。而高级合作社的组织结构更加严密，通常是由多个初级合作社联合组成的，具有更强的经济实力和更大的规模，社员之间的联系也更加紧密。
4、初级合作社和高级合作社最根本的区别是性质。以主要生产资料私有制为基础的农民合作的经济组织，简称“初级社”。初级农业生产合作社是在互助组的基础上，以个体农民自愿组织起来的半社会主义性质的集体经济组织。它的特点是土地入股，耕畜、农具作价入社，由社实行统一经营。
初级社：初级农业生产合作社是在上世纪五十年代初，即大约1953年前后开始建立的。它是在互助组的基础上，由个体农民自愿组织起来的半社会主义性质的集体经济组织。初级社的特点是土地入股，耕畜、农具作价入社，由社实行统一经营，并按照社员的劳动数量和质量及入社的土地等生产资料的多少进行分配。
初级农业生产合作社的性质是半社会主义性质的农村集体经济组织。
半社会主义。农业生产互助组，是以农民个体经济为基础的，是互助合作组织的最低形式。
农业生产互助组是在农民个体经济基础上发展起来的，它是互助合作组织的初级形式。加入互助组的农户保持独立经营，土地和生产资料私有，但通过集体劳动和共享资源，如牲畜和农具，以提高生产效率。互助组成员间的劳动交换基于自愿和互利原则，杜绝了剥削。
农民专业生产合作社是一种全新的经济组织形态，属于互助经济组织。它具有以下几个性质：以农村家庭承包经营为基础：农民专业合作社是在农村家庭承包经营的基础上，由同类农产品的生产经营者或者同类农业生产经营服务的提供者、利用者自愿联合组成的。
法律分析：农民专业合作社是以农村家庭承包经营为基础，通过提供农产品的销售、加工、运输、贮藏以及与农业生产经营有关的技术、信息等服务来实现成员互助目的的组织，从成立开始就具有经济互助性。拥有一定组织架构，成员享有一定权利，同时负有一定责任。
农民专业合作组织既不属于企业也不属于个人，而是一种全新的经济组织形态，具体为民营非盈利组织。